藏医学中对人体的解剖的阐释全面而详尽。对人的体整体构造有深入的了解。整体以“成形脉先行”的原则。从微观到宏观，层层阐解。有“四脉络说”即从母体内的初始状态到生成血管神经的脉络。有初成脉、依存脉、连脉和寿脉四种。

　　初成脉(微观)：生成于原始胚层中的三种微脉;依存脉(微观)：有四种，如主回苏记忆的脉络(微动脉)，主生殖器发育的脉络(精血微脉)等;连接脉(宏观)：有白脉和黑脉两种。黑脉为主运输的动静脉。白脉为主传导的中枢及神经;寿脉：无形的精神形态。

　　另外藏医认为人体全身骨骼有360块。四肢大关节有12个，小关节有210个。韧带有16处，头发有21000根，汗毛孔1100万个等基于量化的科学观。藏医学系统的解剖学内容大部在外科各论中对应疾病特点分类讲述，对临床实践有积极的指导意义。

　　在生理方面，对月经周期、胚胎发育、分娩、神经和消化系统的功能等作了详细论述，如妇女十二岁月经来潮，五十岁绝经，每月行经一次。月经来潮时，妇女常有腰部和下腹胀痛、乳房发胀、情绪不稳定等表现。当怀孕后，男婴四十三周分娩，女婴三十九周分娩。胎儿通过脐带吸收营养物质，供养成熟等。

　　另对五脏六腑的位置作了比喻说明。如心脏相当于“国王”肺相当于“大臣”和“王子”等。